في إطار التزامه بتعزيز البحث الأكاديمي والتعاون العلمي، يحرص المركز الأوروبي لدراسات الشرق الأوسط على بناء شبكة واسعة من الشراكات والتفاهمات مع مؤسسات تعليمية وبحثية مرموقة، بهدف التعاون في المجالات المشتركة ومعالجة القضايا المطروحة من منظور علمي رصين. يسعى المركز من خلال هذه الشراكات إلى دراسة التحديات والمشكلات التي تواجه التنمية والديمقراطية وحقوق الإنسان في الشرق الأوسط، والعمل على إيجاد حلول فاعلة تستند إلى البحث الأكاديمي والتحليل العلمي العميق
وفي هذا السياق، يعزز المركز تعاونه مع المؤسسات والمراكز العلمية الرائدة في مجالات البحث الأكاديمي والعلمي والثقافي، إضافة إلى ميادين التدريب والتطوير، وذلك عبر إبرام مذكرات تفاهم واتفاقيات تعاون مع عدد من المؤسسات المرموقة. انطلاقًا من حرصه على أعلى معايير الجودة الأكاديمية، يركز المركز في بناء شراكاته على التعاون مع الجامعات والمؤسسات البحثية المعتمدة ذات المكانة العلمية الرفيعة، حيث عقد معظم اتفاقياته مع جامعات حكومية مرموقة، مما يضمن تكامل الجهود البحثية والأكاديمية وفق معايير علمية رصينة