وفقا لأهداف المركز الأوربي لدراسات الشرق الأوسط، وكونه مؤسسة بحثية وتعليمية رصينة تعني بدراسة قضايا الشرق الأوسط المختلفة وتسليط الضوء عليها وفق منظور علمي للوقوف على التحديات والمشاكل والمعضلات التي تواجه التنمية والديمقراطية وحقوق الأنسان في الشرق الأوسط، والقيام بكل ما يصب في ذلك فيما يتعلق بتعاون المؤسسات والمراكز العلمية المرموقة في المجالات الأكاديمية، والعلمية، والبحثية، والثقافية، والتدريبية والتطويرية.

المركز يرحب بالشراكة والتعاون مع جميع المؤسسات الاكاديمية والعلمية